畜禽养殖业是我国农业和农村经济的重要组成部分，畜禽养殖业的蓬勃发展造成了日益严重的环境污染。目前，全国各地的规模化畜禽养殖场每天都要排放大量的高浓度畜禽废水。废水中含有CODcr、氨氮、重金属、残留的兽药及各种病原体等污染物。如果不经处理直接排放，会形成严重的污染，危害主要有以下几点：
1.对水体的伤害。水产养殖废水具有典型的“三高”特征，即高CODcr、高氨氮和高SS。是一种含有多种病原菌的高浓度有机废水，大量的有机物进入水中后，有机物的分解会消耗水中大量的溶解氧，使水体发臭，造成许多水生生物的死亡。氮、磷可使水体富营养化。
2.对大气环境的破坏。畜禽废水在厌氧条件下会产生大量的NH3、H2S等恶臭气体，会影响和损害畜禽及周边居民的身体健康。
3.对农田和农作物受损。养殖废水中含有大量的氮、磷、钾等营养物质，如果不经任何处理而直接、连续或过量施用，会对土壤和作物生长产生不良影响，如造成作物产值下降，推迟成熟期，影响后续作物生产等
无论采取何种综合措施处理养殖废水，都必须首先进行固液分离。目前，我国已有成熟的固液分离技术和相应的设备，主要包括筛网式、卧式离心机、压滤机等。从处理技术的角度来看，养殖废水处理过程中，厌氧工艺对于CODcr和BOD5的去除和脱氮除磷是不可或缺的。
目前，水产养殖废水的处理主要有生化处理、投加絮凝剂沉淀、压滤压泥、清水排放等。要净化污水，必须满足三个基本条件：沉淀速度、停留时间和污泥排放。如果水流过快，沉淀时间不够，污水很难下沉和澄清。只有在前两种情况下，污水才能变清，但沉淀的污泥长时间厌氧上浮，沉淀后的水变黑变脏。为了加快污水的净化，还可根据不同的污水水质投加絮凝剂或混凝剂如聚合氯化铝和聚丙烯酰胺等。