工程保证金的弊端：

1、保证金存在被挪用的风险，

2、保证金收取及退还的手续繁琐，退还不及时，使资金效率降低，

3、资金占用量大，且容易造成这些资金的无效沉淀。

而保函就是利用第三方担保单位在市场的商业信用来对项目双方进行履约约束，在有第三方担保介入的交易当中，第三方担保会派出专业的风控，法务团队来进行交易双方的调控，保证甲方不出现以骗取保证金为目的的交易，也保证了一方不出现主观性的违约。当甲乙双方信任度不足以达成合作时，第三方担保的介入可以使得甲乙双方依靠第三方担保的商业信用进行新一轮的友好合作

保证保险提供的是一个涉及三方的风险转移机制，即一种由担保人（保险公司）向债权人（受益人）为债务人（委托人）担保的三方合约，类似于银行担保保证保险与传统保险产品有本质区别。

保函一般都规定一个明确的有效期限。除非保函中有特别说明，保函的有效期指收到受益人索偿文件的后期限。有效期限一过，保证人的责任便解除了。