根据ISO/TC-104 668 Dimensions and ratings标准的规定，按照集装箱的长度，集装箱可以分为10‘，20’，30‘，40’，45‘，30’集装箱一般不使用，使用最多的长度尺寸为20‘和40’的集装箱，而且生产制造的集装箱95%以上为长度40'的集装箱。最近几年，45‘集装箱的使用越来越多，所以在2005年换版时把该尺寸的集装箱加入了该标准。
另外一种是夹套冷藏集装箱，这种冷藏集装箱的特点是沿着箱壁有一个供冷空气循环的通道——夹套。这种冷藏集装箱的优点是货物的装载不影响空气的循环，因而不影响温度的分布；其次，夹套空间的全部容积都用于装载货物，这一点对装运低密度的货物是非常有利的。这种集装箱不能装有呼吸的货物，一般用来装运冻结货物。
气调冷藏集装箱具有一般机械式冷藏集装箱的所有制冷功能，同时装有一种气调设备，可以调节和控制箱体内的空气成分，以减弱新鲜果蔬的呼吸强度，从而减缓果蔬的成熟进度，达到保鲜的目的。
气调保鲜的关键是调节和控制货物储存环境中的各种气体的含量。最常见的是用充氮降氧方法来降低环境中的氧气含量，控制乙烯含量，减缓果蔬成熟。气调冷藏集装箱的气密性要求较高，一般要求漏气率不超过2m³/h。
采用气调冷藏集装箱运输具有保鲜效果好、储藏损失少、保鲜期长和对果蔬无任何污染的优点。但由于采用气调设备后，技术要求高，冷藏集装箱价格高，因此使用还不普遍。
耗用冷剂式冷藏集装箱
耗用冷剂式冷藏集装箱泛指各种无须外接电源或燃料供应的冷藏集装箱，包括水冰冷藏集装箱、干冰冷藏集装箱、液氮冷藏集装箱、液体空气冷藏集装箱、液体二氧化碳冷藏集装箱、冷板式冷藏集装箱等。耗用冷剂式冷藏集装箱的特点是在运输过程中，不需要外接电源或燃料供应，无任何运动部件，维修保养要求低。主要缺点是无法实现连续制冷，储冷剂放热和消耗后必须重新充冷或补充，较难实现的温度控制，制冷设备占用空间较大。耗用冷剂式冷藏集装箱主要适用于小型冷藏集装箱的短距离运输。耗用冷剂式冷藏集装箱只在区域性短途冷藏运输中尚有使用，而在国际冷藏运输中已无使用并有逐步被淘汰的趋势。