经过接种的香菇菌棒，在高温季节来临前，应选择通风散热条件好的场所完成菌棒的散堆，移堆工作。在高温期间，严禁翻动菌棒，以防香菇菌棒受振动而增加菌丝呼吸作用而使堆温上升，引起"烧菌"。
越夏菌棒在高温期间，禁止对菌棒进行割袋，刺孔，以防空气进入菌棒内部，增加菌丝呼吸作用而使堆温上升，引起"烧菌"。
在发菌期间要做到勤检查，一旦发现有烂棒要及时进行处理、消毒，以防病菌蔓延造成损失。一般在香菇菌棒感染腐烂前期可采用挖除腐烂块、点的办法进行处理。处理后用生石灰加适量水调成浆状涂在创口部，进行消毒处理即可。对于一些已全部"烧菌"的菌棒，要及时进行脱袋晒料，以便重新利用。