质检部以铁道部产品质量监督检验中心为基础，主要包括质检业务管理室和机车车辆检验站、铁道建筑检验站、通信信号检验站、金属化学检验站、接触网零部件检验站、运输包装检验站、卫生检验站等7个检验站。

基础部以铁道部标准计量研究所为基础，主要包括：铁路行业标准化研究室、铁路专用计量室、国家轨道衡计量站、国家铁路罐车容积计量站。

CRCC实行主任负责制，设有综合业务部、机车车辆事业部、基础设施事业部、城轨装备事业部和申诉监理部等5个专业部门以及相应的后勤保障部门。

为确保认证机构的公平性，铁路产品认证管理委员会于2003年4月成立，2012年改为“铁路产品认证公平管理委员会”；“城市轨道交通设备认证工作委员会”成立于2011年10月。